Guitar Pro 6 vous permet d'apporter jusqu'à 4 variations d'effets par piste instrument. Vous éviter de cette manière de créer deux pistes guitare si vous souhaitez passer d'une guitare acoustique à une guitare électrique par exemple.
Chaque variation d'effet peut être sauvegardé en tant que réglage utilisateur. Vous pouvez ainsi retrouver et affecter vos réglages de sons à toutes vos partitions / tablatures. A noter qu'il est aussi possible de sélectionner des effets dans la liste de presets fournie dans le logiciel.